تکمیل، افتتاح و بهره‌برداری از واحدهای طرح مسکن مهر در برخی مناطق کشور با کمبود منابع مالی مواجه است؛ برای حل این مشکل به خصوص در شهرهای جدید با اتکا به منابع داخلی تلاش‌هایی صورت گرفته است. اما به نظر می‌رسد این راهکار نتوانسته تمام مشکلات را حل کند، چرا که گفته می‌شود وزارت راه و شهرسازی به دنبال افزایش وام مسکن مهر در برخی مناطق از ۴۰ به ۵۰ میلیون تومان است.
با این کار احتمالا پرونده مسکن مهرهای بدون مسئله بسته خواهد شد، اما باید به این نکته توجه شود بار بازپرداخت تسهیلات مسکن مهر بر دوش متقاضیان این طرح قرار می‌گیرد که عمدتا از قشر ضعیف جامعه هستند. طی ماه‌های گذشته گفته می شد قرار است وام مسکن مهر در برخی شهرهای جدید به ۴۵ میلیون تومان افزایش یابد.